Zespół ds. Diagnostyki Genomowej SARS-CoV-2 Uniwersytetu Medycznego w Białymstoku, Akademickiego Ośrodka Diagnostyki Patomorfologicznej i Genetyczno- Molekularnej oraz Wydziału Matematyki i Nauk Informacyjnych Politechniki Warszawskiej, opublikował na łamach czasopisma Advances in Medical Sciences wyniki badań sekwencjonowania NGS genomu wirusa SARS-CoV-2 z przypadków Polski północno-wschodniej. W badaniu tym zidentyfikowano pierwszy przypadek SARS-CoV-2 w Polsce z linią B.1.351 (znany jako odmiana południowoafrykańska 501Y.V2) oraz 18 przypadków wariantu brytyjskiego (B.1.1.7). Stwierdzono, że analizowane genomy wirusów charakteryzują się dużą zmiennością przy jednoczesnym wyróżnieniu lokalnych skupisk genomów wirusa o dużym podobieństwie. Przeprowadzono ponadto analizę sekwencji SARS-CoV-2 zdeponowanych w bazie GISAID i wykazano, że rozprzestrzenianie się nowego wariantu wirusa w populacji to bardzo dynamiczne zjawisko - w ciągu jednego miesiąca może nastąpić przeskok z poziomu kilkunastu do aż 80 procent. Uzyskane dane jednoznacznie wskazują na konieczność pilnego zbudowania i wdrożenia wydajnego i zintegrowanego systemu monitorowania w czasie rzeczywistym pojawiania się i rozprzestrzeniania się wariantów SARS-CoV-2 w Polsce. W publikacji przedstawiono autorską koncepcję do analizy zmienności genomu SARS-CoV-2 na dużą skalę opartą na kompletnej i zintegrowanej sieci procesów analitycznych i bioinformatycznych połączonych z integratorem przepływu informacji i cotygodniową aktualizacją danych.
Link do publikacji:
https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1896112621000201?via%3Dihub
