Laboratorium Metabolomiki, które jest częścią Centrum Badań Klinicznych Uniwersytetu Medycznego w Białymstoku, specjalizuje się w analizach metabolomicznych i proteomicznych wykorzystywanych w badaniach medycznych, m.in. dotyczących medycyny spersonalizowanej.
W Laboratorium prowadzone są celowane i niecelowane badania metabolomiczne (w tym lipidomiczne) i badania proteomiczne. Działalność badawcza Laboratorium prowadzona jest głównie w obszarze badań medycznych, a w szczególności ukierunkowana jest na poznanie i zrozumienie przemian biochemicznych związanych z rozwojem chorób.
Dzięki temu możliwe jest wskazanie nowych biomarkerów chorób pozwalających na poprawę diagnostyki, monitorowanie postępu choroby czy ocenę skuteczności leczenia. Zespół Laboratorium Metabolomiki ma wieloletnie doświadczenie w pracy z różnorodnym materiałem biologicznym, m.in. z osoczem, surowicą, moczem, różnego rodzaju tkankami czy komórkami. Ponadto, oprócz analiz standardowego materiału, zespół pod kierunkiem prof. dr hab. Michała Ciborowskiego opracowuje i waliduje metody do oznaczania metabolitów w dowolnym materiale biologicznym, np. płynie owodniowym, czy też płynie komorowym lub ciele szklistym oka.
Aby uzyskać jak największe pokrycie metabolomu w laboratorium stosowane są różne techniki separacyjne. Takie podejście pozwala na zdobycie szerszej wiedzy odnośnie badanych problemów biomedycznych.
Laboratorium Metabolomiki UMB oferuje kompleksowe podejście, obejmujące nie tylko pomiar metabolitów w dostarczonych próbkach biologicznych, ale także analizę uzyskanych danych, w tym analizy statystyczne, identyfikację metabolitów oraz analizę szlaków metabolicznych. Ponadto, w skład grupy wchodzą bioinformatycy, którzy tworzą na jej potrzeby dedykowane narzędzia bioinformatyczne ułatwiające analizę danych.
Laboratorium współpracuje z innymi jednostkami zarówno krajowymi jak i zagranicznymi, wśród których wymienić można Uniwersytet Medyczny w Łodzi, Gdański Uniwersytet Medyczny, Politechnikę Wrocławską, Centrum Metabolomiki i Bioanaliz (CEMBIO) Uniwersytetu San Pablo CEU w Madrycie, Laboratorium Integracyjnego Fenotypowania Molekularnego w Karolinska Institutet w Sztokholmie, czy też Hiszpańskie Narodowe Centrum Badania Chorób Układu Krążenia CNIC w Madrycie.
Współpraca odbywa się również poprzez działalność Polskiego Towarzystwa Metabolomicznego, w którego władzach znajdują się pracownicy Laboratorium. Te działania pozwalają na nawiązywanie nowych kooperacji naukowych oraz na ciągłą wymianę doświadczeń i transfer wiedzy z innymi badaczami z kraju i zagranicy, co z kolei przyczynia się do podnoszenia kwalifikacji. Warto również wspomnieć, że dwóch członków zespołu (dr Joanna Godzień i dr Michał Burdukiewicz) otrzymało prestiżowe stypendia Ministra Edukacji i Nauki dla wybitnych młodych naukowców.
Laboratorium Metabolomiki UMB wyposażone jest w wysokorozdzielcze spektrometry mas, takie jak QTOF, które wykorzystywane są do niecelowych analiz metabolomicznych i proteomicznych. Ponadto laboratorium posiada unikalny na skalę krajową system RapidFire, umożliwiający wysokoprzepustową (10 próbek/min.), symultaniczną analizę pojedynczych metabolitów.
Niecelowane analizy metabolomiczne
Laboratorium wyposażone jest w dwa aparaty LC-QTOF-MS służące do niecelowanych analiz metabolomicznych, tzw. metaboliczny odcisk palca. Wykonywane są niecelowane analizy porównawcze metabolitów dla następujących próbek biologicznych: osocze/surowica, mocz, płyn owodniowy, płyn mózgowo – rdzeniowy, komórki PBMC, neutrofile, kondensat wydychanego powietrza, tkanki (płuco, mózg), płyn komorowy i ciało szkliste oka.
Ilościowy pomiar metabolitów
W Laboratorium Metabolomiki CBK, w zależności od zapotrzebowania, opracowywane są metody analityczne do ilościowego oznaczania konkretnych metabolitów, adoptowane są także metody opisane w literaturze specjalistycznej. Ponadto wykorzystywane są komercyjne rozwiązania do ilościowego oznaczania metabolitów.
Analizy proteomiczne
Laboratorium Metabolomiki UMB wykonuje:
- Analizy jakościowe i półilościowe z różnych materiałów biologicznych (osocze, tkanki, hodowle komórkowe, izolaty itd.),
- Analizy porównawcze w trybie bez znakowania, wykorzystujące znakowanie izobaryczne,
- Identyfikacje modyfikacji potranslacyjnych;
- Dodatkowe metody wzbogacania próbki np. izolację fosforylowanych peptydów,
- Deplecję białek osocza,
- Dodatkowe frakcjonowanie w trybie off-line,
- Odsalanie i oczyszczanie próbek;
- Analizę bioinformatyczną i funkcjonalną uzyskanych wyników wraz z ich interpretacją biologiczną.
Multi-dyscyplinarny zespół badawczy Laboratorium Metabolomiki UMB tworzy blisko 20 ekspertów (chemików, biologów, biostatystyków, matematyków)
- Prof. dr hab. Michał Ciborowski (kierownik)
- dr Michał Burdukiewicz
- dr Jarosław Chilimoniuk
- dr Dominik Cysewski
- dr Joanna Godzień
- dr Tomasz Kowalczyk
- dr Katarzyna Miniewska
- dr Ewa Paszkowska
- dr Karolina Pietrowska
- mgr Adrian Godlewski
- mgr Wioleta Gosk
- mgr Krystyna Grzesiak
- mgr Paulina Klimaszewska
- mgr Patrycja Mojsak
- mgr Tomasz Pieńkowski
- mgr Julia Siemińska
Osoba do kontaktu:
prof. dr hab. Michał Ciborowski
email: michal.ciborowski@umb.edu.pl
tel: +48 85 831 8151
