1990
- Aula Wielka pałacu Branickich otrzymała wystrój wzorowany na kanonach funkcjonujących w XIX wieku.
- Stanowisko Rektora AMB objął prof. Andrzej Kaliciński.
- Tytuł doctora honoris causa otrzymali: prof. Maria Zofia Byrdy, prof. Witold Janusz Rudowski, prof. Bronisław Słomiany, prof. Hans Klaus Breddin.
1991
- Wydano pierwsze dyplomy magistra farmacji.
- Tytuł doctora honoris causa uzyskali prof. Jacques Paul Borel oraz prof. Maria Kopeć.
1992
- Tytuł doctora honoris causa otrzymał Prezydent Ryszard Kaczorowski.
1993
- Po raz pierwszy absolwent Oddziału Analityki Medycznej otrzymał stopień naukowy doktora habilitowanego.
- Tytuł doctora honoris causa uzyskał prof. Ronald Lee Terjung, prof. Stefan Niewiarowski, prof. Akikazu Takada.
- Stanowisko Rekrora AMB objął prof. Jan Górski.
1995
- Tytuł doctora honoris causa otrzymał prof. Rodger Lee Bick oraz prof. Stanisław Konturek.
1996
- Po raz pierwszy absolwent Wydziału Farmaceutycznego uzyskał stopień naukowy doktora.
- Tytuł doctora honoris causa uzyskał prof. Jean Cohen.
1997
- Powołano Samodzielną Pracownię Historii Medycyny i Farmacji z ekspozucją muzealną.
1998
- Tytuł doctora honoris causa otrzymał prof. Zbigniew Religa, prof. Antoni Gabryelewicz.
1999
- Na Wydziale Lekarskim powołano Oddział Pielęgniarstwa.
- Oddano do użytku budynek Collegium Novum.
- Stanowisko Rektora AMB ponownie objął prof. Zbigniew Puchalski.
