• Bakteriologiczna i serologiczna diagnostyka listeriozy (zakażenia Listeria monocytogenes), rodencjozy (zakażenia Yersinia pseudotuberculosis), jersiniozy (zakażenia Y. enterococlitica), zakażenia wywołanego przez Helicobacter pylori
• Bakteriologiczna diagnostyka zakażeń dróg moczowych, oddechowych i innych dla pacjentów leczonych w niektórych szpitalach i przychodniach (bakterie tlenowe, mikroaerofilne i beztlenowe)
• Serologiczna diagnostyka zakażeń lambliozy (Giardia intestinalis) i toksoplazmozy Toxoplasma gondii oraz niektórych chorób wirusowych (np. zakażenie Parrovirus B19)
• Kompleksowa diagnostyka (hodowla, identyfikacja, antymykogram, wykrywanie antygenów i przeciwciał) kandydiazy (Candida spp.), kryptokokozy (Cryptococcus neoformans), aspergilozy (Aspergillus spp.) i innych zakażeń grzybiczych
• Kontrola mikrobiologiczna zakażeń szpitalnych
• Przy Zakładzie Mikrobiologii istnieją dwa Krajowe Ośrodki Referencyjne, ds. Listeria i Candida