Badania genomowe

Laboratorium Genomiki i Analiz Epigenetycznych (LGAE) UMB to jeden z najlepiej wyposażonych ośrodków genomowych w Polsce, oferujący jedną z najwyższych w kraju przepustowości sekwencjonowania nowej generacji (NGS). Specjalizujemy się w zaawansowanych analizach genomowych, transkryptomicznych i epigenetycznych w kontekście badań nowotworów, chorób metabolicznych i chorób rzadkich.
Posiadamy unikalne kolekcje danych multi-omicznych obejmujące tysiące próbek pacjentów onkologicznych (eksomy, transkryptomy, mikrotranskryptomy, metylomy) oraz prób referencyjnych. Laboratorium osiąga najwyższe miejsca w corocznej certyfikacji EMQN (European Molecular Genetics Quality Network) oraz GenQA (Genomic Quality Assessment) w zakresie oceny jakości danych sekwencjonowania.
Oferta dla partnerów naukowych obejmuje usługi sekwencjonowania NGS (WGS, WES, RNA-Seq, smallRNA-Seq, RRBS, scRNA-Seq), analizy ekspresji genów na platformie nCounter NanoString (m.in. liquid biopsy) oraz walidację molekularną biomarkerów technologią qPCR. Uczestniczymy w partnerstwach badawczych, przygotowywaniu wspólnych publikacji, wspólnym aplikowaniu o finansowanie zewnętrzne oraz konsultacjach metodologicznych dotyczących projektowania badań genomowych i multi-omicznych.
Ściśle współpracujemy z Laboratorium Obliczeniowej Medycyny Molekularnej (LOMM) UMB, współtworząc zintegrowane środowisko badawcze łączące kompetencje eksperymentalne z zaawansowanymi analizami bioinformatycznymi i statystycznymi. W ramach prowadzonych badań współpracujemy także z Centrum Bioinformatyki i Analizy Danych oraz Centrum Medycyny Cyfrowej UMB. 

Oferta badawcza:

• Sekwencjonowanie całogenomowe (WGS) i całoeksomowe (WES) – germinalne i somatyczne;

• Sekwencjonowanie transkryptomu (RNA-Seq) oraz mikrotranskryptomu (smallRNA-Seq – analiza ekspresji i edycji dojrzałych miRNA);

• Analizy metylomu DNA (RRBS – Reduced Representation Bisulfite Sequencing); 

• Analizy transkryptomowe pojedynczych komórek (scRNA-Seq);

• Analizy ekspresji mRNA i miRNA na platformie nCounter NanoString (m.in. liquid biopsy) 

• Walidacja molekularna biomarkerów technologią qPCR;

• Izolacja kwasów nukleinowych, przygotowanie bibliotek sekwencyjnych i kontrola jakości materiału biologicznego (DNA, RNA, miRNA) zgodnie z procedurami SOP.

Stosowane techniki badawcze:

Świadczymy szeroki zakres analiz NGS z wykorzystaniem najnowocześniejszych platform sekwencjonowania nowej generacji. Laboratorium wyposażone jest w system platform sekwencjonowania Illumina, w tym NovaSeq 6000, NovaSeq 6000 Dx oraz NovaSeq X Plus.
Specjalizujemy się szczególnie w następujących aplikacjach NGS:

• WGS (Whole Genome Sequencing)

• WES (Whole Exome Sequencing)

• RRBS (Reduced Representation Bisulfite Sequencing - metylom)

• RNA-Seq (transkryptom – ekspresja genów kodujących białka i lncRNA)

• smallRNA-Seq (mikrotranskryptom – ekspresja i edycje dojrzałych miRNA)

• scRNA-Seq (analizy transkryptomowe pojedynczych komórek)

Wykorzystujemy również platformę nCounter NanoString do analiz panelowych ekspresji mRNA i miRNA (m.in. w aplikacjach liquid biopsy) oraz technologię qPCR do walidacji molekularnej wybranych biomarkerów.

Infrastruktura laboratorium spełnia najwyższe standardy dla laboratoriów genetycznych, w tym posiada śluzy powietrzne oraz kontrolowany przepływ powietrza zapobiegający kontaminacjom. Wszystkie procesy laboratoryjne realizowane są zgodnie ze standardowymi procedurami operacyjnymi (SOP). Laboratorium osiąga najwyższe miejsca w corocznej certyfikacji jakości danych sekwencjonowania całoeksomowego prowadzonej przez Europejską Sieć Kontroli Jakości Badań Genetycznych (EMQN – European Molecular Genetics Quality Network) oraz agencję Oceny Jakości Genomicznej (GenQA – Genomic Quality Assessment).

Możliwe formy współpracy:

• współpraca naukowa z jednostkami akademickimi i instytutami badawczymi

• realizacja projektów badawczych we współpracy z partnerami przemysłowymi

• usługowa współpraca komercyjna

• wspólne projekty badawczo-rozwojowe (B+R)

• wspólne projekty naukowe

• współpraca w badaniach klinicznych z elementami translacyjnymi i zastosowaniem badań omicznych

• wspólne aplikowanie o projekty finansowane z funduszy zewnętrznych

• ekspertyzy naukowe i technologiczn

Odbiorcy oferty:

Wszelkie jednostki naukowe i badawcze, firmy biotechnologiczne i farmaceutyczne, laboratoria naukowe i diagnostyczne, szpitale i klinicyści, jednostki prowadzące badania kliniczne, instytucje zainteresowane wykonywaniem badań multi-omicznych oraz z obszaru genomiki.

Cennik badań / usług

Wycena współpracy przygotowywana jest indywidualnie po zapoznaniu się z potrzebami potencjalnego partnera naukowego lub komercyjnego.

Dane kontaktowe: