Zakład powstał w 1993 roku z przekształcenia Zakładu Podstawowej Opieki Zdrowotnej Akademii Medycznej. Budynek po byłym żłobku, w który mieści się obecnie Zakład został wyremontowany i wyposażony dzięki funduszom Phare. Ze środków Phare wyposażono także w sprzęt gabinety 81 lekarzy z terenu województw podlaskiego i warmińsko-mazurskiego na sumę 1.756.003,65 zł. Powstanie Zakładu nie byłoby możliwe bez ogromnego zaangażowania pani profesor Agnieszki Borzuchowskiej, która była do roku 2003 pierwszym kierownikiem Zakładu. Obecnie kierownikiem jest prof. dr hab. n. med. Sławomir Chlabicz. Nauczyciele zatrudnieni w Zakładzie odbyli liczne staże zagraniczne przygotowujące do roli lekarza rodzinnego i nauczyciela medycyny rodzinnej:

Sławomir Chlabicz – Wielka Brytania, Irlandia, Dania, Hiszpania, Austria. Izrael

Alicja Ołtarzewska - Wielka Brytania, Irlandia, Dania, Hiszpania, Holandia

Jolanta Sawicka–Powierza – Holandia, Irlandia

Dorota Bielska - Holandia, Irlandia

Wprowadzono nowe formy kształcenia studentów – nauka umiejętności praktycznych z wykorzystaniem fantomów, rozwiązywanie scenariuszy klinicznych z użyciem systemu do głosowania, ćwiczenia z komunikowania lekarz – pacjent z wykorzystaniem aktorów. Od 1997 toku wprowadzono też anonimowe ankiety oceniające prowadzone w Zakładzie zajęcia oraz wykładowców.

W roku 2016 Zakład podzielił sie na dwie jednostki: Zakład Medycyny Rodzinnej oraz Zakład Podstawowej Opieki Zdrowotnej