Laboratorium Obliczeniowej Medycyny Molekularnej

Laboratorium Obliczeniowej Medycyny Molekularnej (LOMM) specjalizuje się w molekularnej biologii obliczeniowej i bioinformatyce w kontekście badań genomowych i multi-omicznych w nowotworach, chorobach metabolicznych oraz rzadkich.
Głównym obszarem działalności jest analiza i interpretacja danych z sekwencjonowania nowej generacji (ang. Next Generation Sequencing, NGS) z wykorzystaniem zaawansowanych metod obliczeniowych i statystycznych. Nacisk kładziony jest na translacyjne wykorzystanie wyników oraz ich zastosowanie kliniczne.
Oferta dla partnerów naukowych obejmuje usługi z zakresu analizy bioinformatycznej i interpretacji danych, a także partnerstwo w projektach badawczych, przygotowywanie publikacji z prowadzonych wspólnie badań, wspólne aplikowanie o finansowanie zewnętrzne oraz konsultacje metodologiczne dotyczące projektowania badań i analiz danych omicznych.
Ściśle współpracujemy z Laboratorium Genomiki i Analiz Epigenetycznych (LGAE) UMB, współtworząc zintegrowane środowisko badawcze łączące kompetencje eksperymentalne i obliczeniowe. W ramach wykonywanych badań naukowych, B+R i usługowych współpracujemy także z Centrum Bioinformatyki i Analizy Danych oraz Centrum Medycyny Cyfrowej.

Oferta badawcza:

• Przetwarzanie danych NGS od surowych odczytów sekwencyjnych (fastq) do danych wsadowych do dalszych analiz eksploracyjnych i statystycznych;

• Analizy eksploracyjne oraz statystyczne danych pochodzących z NGS;

• Wizualizacja danych i analiza funkcjonalna;

• Analizy sieciowe oraz integracje multi-omiczne danych;

• Interpretacje danych genomowych (WGS, WES) na cele naukowe z zachowaniem standardów diagnostyki molekularnej.

Stosowane techniki badawcze:

Wykonujemy analiz bioinformatyczne danych z sekwencjonowania następnej generacji (NGS) od surowych danych fastq aż po analizy statystyczne i interpretacje funkcjonalne. Specjalizujemy się szczególnie w analizach obejmujących bioinformatyczne przetwarzanie i głęboką interpretację danych w poniższych aplikacjach:

• WGS (Whole Genome Sequencing)

• WES (Whole Exome Sequencing)

• RRBS (metylom – metylacja DNA; Reduced Representation Bisulfite Sequencing)

• Bulk RNA-Seq (transkryptom – ekspresja genów kodujących białka i lncRNA)

• Bulk smallRNA-Seq (mikrotranskryptom – ekspresja i edycje dojrzałych miRNA)

• scRNA-Seq (analizy transkryptomowe pojedynczych komórek)

Posiadamy dostęp do wysokowydajnego klastra obliczeniowego (HPC) w ramach infrastruktury UMB.
Przeprowadzamy także interpretacje uzyskanych wyników badań genomowych (WGS, WES) w jakości diagnostycznych badań molekularnych, zgodnie z międzynarodowymi standardami ACMG/AMP/ClinGen/ACGS/CanVIG.

Możliwe formy współpracy:

• współpraca naukowa z jednostkami akademickimi i instytutami badawczymi

• realizacja projektów badawczych we współpracy z partnerami przemysłowymi

• usługowa współpraca komercyjna

• wspólne projekty badawczo-rozwojowe (B+R)

• wspólne projekty naukowe

• współpraca w badaniach klinicznych z elementami translacyjnymi i zastosowaniem badan omicznych

• wspólne aplikowanie o projekty finansowane z funduszy zewnętrznych

• ekspertyzy naukowe i technologiczne

Odbiorcy oferty:

Wszelkie jednostki naukowe i badawcze, firmy biotechnologiczne i farmaceutyczne, laboratoria naukowe i diagnostyczne, szpitale i klinicyści, jednostki prowadzące badania kliniczne, instytucje zainteresowane wykonywaniem badań multi-omicznych oraz z obszaru genomiki.

Cennik badań / usług

Wycena współpracy przygotowywana jest indywidualnie po zapoznaniu się z potrzebami potencjalnego partnera naukowego lub komercyjnego.

Dane kontaktowe:

Laboratorium Obliczeniowej Medycyny Molekularnej (LOMM),

Centrum Badań Klinicznych, Uniwersytet Medyczny w Białymstoku (UMB)

Dr Karolina Chwiałkowska – Kierownik LOMM

e-mail: karolina.chwialkowska@umb.edu.pl

ul. Waszyngtona 15c, 15-269 Białystok, Polska

Budynek Centrum Futuri (wejście D/E)