Centra badawcze

Centrum Badań Klinicznych

Informacje ogólne

Utworzone w 2015 roku Centrum Badań Klinicznych (CBK) to ośrodek zajmujący się obszarami badań z zakresu chorób metabolicznych, sercowo-naczyniowych, neurodegeneracyjnych i onkologii. Posiada sprzęt do wysokowydajnych analiz genomicznych, transkryptomicznych, proteomicznych i metabolomicznych. Głównym celem CBK jest poszukiwanie nowych biomarkerów wczesnego wykrywania oraz metod skutecznej indywidualizowanej terapii chorób cywilizacyjnych w oparciu o innowacyjne technologie wieloskalowe.

Dane teleadresowe

Centrum Badań Klinicznych
Uniwersytet Medyczny w Białymstoku

ul. Marii Skłodowskiej-Curie 24a
15-276 Białystok
e-mail:  cbk@umb.edu.pl

strona internetowa: https://www.umb.edu.pl/wl/centrum_badan_klinicznych

Profil badawczy i certyfikaty

W skład Centrum Badań Klinicznych (CBK) wchodzą:

1. Laboratorium Genomiki i Analiz Epigenetycznych

Laboratorium posiada najnowocześniejszy sprzęt do sekwencjonowania nowej generacji określanego jako NGS (ang. Next Generation Sequencing). Technologia ta polega na odczytaniu kolejności par nukleotydowych w cząsteczce DNA, co pozwala na zrozumienie struktury poszczególnych genów, konkretnych chromosomów, a nawet całego genomu. Jednocześnie umożliwia precyzyjną i bardzo szybka analizę wielu próbek równolegle.

Laboratorium świadczy szeroki zakres analiz NGS, w tym badania:

• całego genomu (ang. Whole Genome Sequencing),
• całego eksomu (ang. Whole Exome Sequencing),
• całego transkryptomu (ang. total RNA-Seq),
• krótkiego niekodującego RNA (smallRNA-Seq),
• metylomu, dotyczące zmian w profilu i poziomie metylacji DNA (RRBS),
• ekspresji mRNA lub miRNA z wykorzystaniem platformy nCounter firmy Nanostring.

Ze względu na dużą ilość danych produkowanych z wykorzystaniem metod wielkoskalowych, Laboratorium aktywnie współpracuje z Centrum Bioinformatyki i Analizy Danych Uniwersytetu Medycznego w Białymstoku, które zapewnia wsparcie zarówno w zakresie analizy statystycznej wyników, jak i analizy bioinformatycznej, wymagającej jednoczesnego wykorzystania grup serwerów o odpowiedniej mocy obliczeniowej.

Laboratorium Genomiki i Analiz Epigenetycznych skupia się głównie na badaniach dotyczących nowotworów oraz chorób metabolicznych.

Laboratorium ma na swoim koncie liczne współprace udokumentowane publikacjami naukowymi m.in. z Uniwersytetem Medycznym w Gdańsku, Politechniką Gdańską, Uniwersytetem Śląskim, Instytutem „Pomnik – Centrum Zdrowia Dziecka” czy z University of Texas MD Anderson Cancer Center (USA).

Certyfikaty:

Najwyższe miejsce w ocenie danych wygenerowanych w sekwencjonowaniu całoeksomowym przeprowadzonej przez Europejską Sieć Kontroli Jakości Badań Genetycznych (EMQN – European Molecular Genetics Quality Network) i agencję Oceny Jakości Genomicznej (GenQA – Genomic Quality Assessment).

Lider zespołu – dr Magdalena Niemira, tel: +48 85 831 52 75, magdalena.niemira@umb.edu.pl

2. Laboratorium Metabolomiki

Laboratorium prowadzi badania w zakresie poszukiwania białkowych (proteomika) i drobnocząsteczkowych (metabolomika) biomarkerów przy wykorzystaniu spektrometrii mas w badaniach biomedycznych i klinicznych. Laboratorium wyposażone jest w trzy spektrometry masowe połączone z chromatografami cieczowymi. Są to następujące tandemowe analizatory masy: LCMS QTOF, QqQ oraz Orbitrap. QTOF i Orbitrap wykorzystywane są do poszukiwania nowych biomarkerów metodami tzw. metabolicznego lub proteomicznego odcisku palca. Ponadto analizator typu QqQ pozwala na dokładne określenie stężenia wybranych białek czy metabolitów. Materiał biologiczny dotychczas wykorzystywany w badaniach to krew, mocz, płyn owodniowy, płyn komorowy, ciało szkliste, ekstrakty tkankowe czy też komórki z hodowli. Prowadzone badania dotyczą głównie chorób metabolicznych, nowotworów, chorób układu krążenia czy chorób narządu wzroku.

Wielkoskalowy charakter badań proteomicznych czy metabolomicznych powoduje generowanie dużej ilości danych, których opracowywanie wymaga zastosowania specjalistycznego oprogramowania. Laboratorium posiada programy do opracowywania i analizy danych uzyskiwanych w badaniach proteomicznych i metabolomicznych oraz do wieloczynnikowej analizy statystycznej.

Lider zespołu – prof. dr hab. Michał Ciborowski, tel: + 48 85 831 81 51, + 48 85 831 88 93, michal.ciborowski@umb.edu.pl

3. Pracownia Medycyny Personalizowanej

W Pracowni realizowane są liczne projekty prowadzone na skalę krajową i międzynarodową przy współpracy z wiodącymi naukowymi ośrodkami naukowymi, w tym:

• Projekt PolReD (Zatrzymaj cukrzycę! Polski Rejestr Diabetologiczny) jest największym polskim rejestrem pacjentów chorujących na cukrzycę oraz pacjentów wysokiego ryzyka rozwoju cukrzycy, w którym dzięki zastosowaniu najnowocześniejszych metod molekularnych i sztucznej inteligencji poszukiwane są nowe możliwości zapobiegania i progresji rozwoju cukrzycy.
• Projekt GAROS (Genetics of the Acute Response to Oral Semaglutide) którego celem jest poszukiwanie wariantów genetycznych związanych z odpowiedzią metaboliczną na krótkotrwałe leczenie doustnym semaglutydem wśród pacjentów z otyłością i stanem przedcukrzycowym.
• Projekt BBSS (Bialystok Bariatric Surgery Study) - jeden z pierwszych i największych rejestrów pacjentów poddawanych zabiegom chirurgii bariatrycznej w naszym kraju. Jest to unikatowe badanie, w którym pacjent poddawany jest kilkuletniej obserwacji od momentu wykonania zabiegu bariatrycznego. Celem projektu jest poznanie mechanizmów związanych z remisją cukrzycy i otyłości oraz stworzenie algorytmów predykcji odpowiedzi na zabieg.

W skład Pracowni Medycyny Personalizowanej wchodzą specjaliści z wielu dziedzin, m.in. lekarze, diagności laboratoryjni, pielęgniarki, ale również biotechnolodzy, biolodzy, chemicy, dietetycy. Laboratorium posiada część kliniczną przystosowaną do pracy z pacjentem, tj. własne punkty pobrań, punkt zabiegowy, pracownie analiz antropometrycznych wyposażone w analizatory składu ciała oraz densytometr, pracownię wysiłku fizycznego przystosowaną do wykonywania prób wysiłkowych. Jednocześnie w skład Pracowni wchodzi Laboratorium Analityczne, w którym wykonywane są badania immunochemiczne, biochemiczne, radioizotopowe oraz z zakresu biologii molekularnej.

Pracownia ściśle współpracuje z drużyną piłkarską Jagiellonii Białystok S.S.A. Zawodnicy są tu poddawani cyklicznie kompleksowym badaniom, takim jak badania laboratoryjne krwi, spirometria powysiłkowa czy testy wysiłkowe.

Lider zespołu – dr Łukasz Szczerbiński, tel: +48 85 831 81 56, lukasz.szczerbinski@umb.edu.pl

4. Laboratorium Obliczeniowej Medycyny Molekularnej 

Lider zespołu – dr Karolina Chwiałkowska, karolina.chwialkowska@umb.edu.pl

5. Laboratorium Bioinformatyki i Analiz Multiomicznych

Laboratorium specjalizuje się w kuracji i integracji danych, budowie baz danych oraz trenowaniu modeli predykcyjnych. Zespół bada interakcje białek z innymi cząsteczkami, łącząc metody bioinformatyczne z eksperymentalną walidacją. Badania obejmują szeroko pojętą analizę danych omicznych, ze szczególnym uwzględnieniem bioinformatyki, proteomiki, metabolomiki oraz modelowania komputerowego.

Kluczowe obszary badawcze:

• Amyloidy – badanie interakcji białek amyloidowych, ich roli w chorobach neurodegeneracyjnych oraz modelowanie ich strukturalnych właściwości.
• LLPS (liquid-liquid phase separation) – analiza i przewidywanie skraplania białek oraz jego znaczenia w biologii komórki.
• AMP (antimicrobial peptides) – identyfikacja i projektowanie peptydów przeciwdrobnoustrojowych.
• HDX (hydrogen-deuterium exchange) – analiza dynamiki strukturalnej białek z wykorzystaniem wymiany wodorowo-deuterowej.
   

Lider zespołu - dr Michał Burdukiewicz, tel.: tel: +48 85 686 52 76, michal.burdukiewicz@umb.edu.pl

6. Laboratorium Badań Aktywności Fizycznej

Lider Zespołu - dr hab. Zofia Dzięcioł-Anikiej, tel.:  +48 85 831 81 50