W pierwszych latach działalności Kliniki na bazie innego szpitala, przy bardzo dużych brakach lokalowych i wyposażenia, nie było warunków sprzyjających pracy naukowej. Mimo to od początku zostały podjęte próby badań naukowych na miarę istniejących możliwości. Były to zwykle opracowania kliniczne dotyczące trudności diagnostycznych i leczenia chorych, powikłań pooperacyjnych, zakażeń chirurgicznych, itp. Wyniki tych prac były przedstawiane na posiedzeniach Oddziału Towarzystwa Chirurgów Polskich, a następnie na zjazdach ogólnokrajowych. Zaczęły się też pojawiać publikacje, jako wynik współpracy z innymi jednostkami Akademii.
W pierwszych 5 latach działalności Kliniki wydano drukiem tylko 6 prac, lecz w ciągu następnego pięciolecia ich ilość potroiła się. W 1959 r. Klinika była współorganizatorem ogólnopolskiego zjazdu mikrobiologów.

Ewidentny wzrost publikacji nastąpił w latach 1965-68, już w nowej siedzibie Kliniki - w Państwowym Szpitalu Klinicznym. W okresie tym ogłoszono 54 prace i przedstawiono 14 doniesień zjazdowych. W 1969 r. zespół Kliniki pod kierunkiem prof. Adamskiego zorganizował XIII Zjazd Torakochirurgiczny, na którym przedstawiono 27 referatów dotyczących

głównie chorób klatki piersiowej oraz prezentacji szeregu urządzeń, skonstruowanych w uczelnianym ośrodku techniki medycznej, do monitorowania stanu chorych podczas operacji.

Do 1970 r. 7 asystentów Kliniki uzyskało stopnie doktora nauk medycznych i jeden stopień doktora habilitowanego.
Szczególnie dynamiczny rozwój Kliniki Chirurgii Ogólnej nastąpił po roku 1976. Pod kierownictwem prof. Puchalskiego ustabilizował się skład zespołu pracowników, wykrystalizowały się zainteresowania naukowe i główne kierunki prac badawczych. Należą do nich: wstrząs krwotoczny i endotoksyczny, patologia gruczołu tarczowego i trzustki, chirurgia nadnerczy i przytarczyc, patofizjologia i chirurgiczne leczenie choroby wrzodowej, raka żołądka i jelit, patologia wątroby i dróg żółciowych, chirurgia laparoskopowa i inne nowe techniki chirurgiczne. Profesor Ładny jest kontynuatorem tych kierunków badawczych, jednocześnie uzupełniając je o problematykę medycyny ratunkowej (w 2004 roku odbyła się obrona pracy doktorskiej, pierwszej z zakresu tej specjalności w Uczelni) oraz zdrowia publicznego.

Wobec niedostatecznego własnego zaplecza laboratoryjnego i aparaturowego nawiązano współpracę z klinikami Gastroenterologii i Endokrynologii oraz z zakładami Radiologii, Anatomii Patologicznej i Biochemii, z Instytutem Diagnostyki Laboratoryjnej, Zakładem Medycyny Nuklearnej i innymi jednostkami Uczelni.

Badania doświadczalnego wstrząsu endotoksycznego dotyczą zmian w nerkach, nadnerczach, wątrobie i płucach oraz wpływu niektórych leków na przebieg wstrząsu. W nadczynności tarczycy wykryto występowanie zaburzeń aktywności hormonów nadnerczowych, gospodarki lipidowej, aktywności prostaglandynopodobnej oraz hemostazy, które mogą wymagać specjalnego postępowania przy operacjach wola.

W przewlekłym zapaleniu trzustki ustalone zostały charakter zmian i rola kolagenu w powstawaniu zwłóknienia narządu z możliwością dysplazji i zezłośliwienia. W badaniach czynności żołądka wykazano wzrost aktywności proteolitycznej w chorobie wrzodowej i przydatność częściowej resekcji żołądka z pozostawieniem odźwiernika w chirurgicznym leczeniu tej choroby. Ponadto stwierdzono postępujące obniżanie się aktywności proteolizy żołądkowej w kamicy żółciowej, przewlekłym zapaleniu i raku trzustki, co uzasadnia wczesne leczenie operacyjne tych schorzeń.

Klinika utrzymuje kontakty naukowe z ośrodkami zagranicznymi, w szczególności z Instytutem "Mario Negri" w Bergamo i Mediolanie (Włochy), którego Dyrektor prof. S. Garattini jest doktorem h.c. naszej Akademii. Współpracujemy też z Kliniką Chirurgiczną Uniwersytetu w Bergen (Norwegia). Kierownik tej Kliniki, prof. K. Svanes, przebywał w Białymstoku w l984 r. Trwa wieloletnia wymiana naukowa z Kliniką Chirurgii Instytutu Medycznego w Kownie (Litwa), którego Kierownik, prof. V. Zykas, gościł u nas kilkakrotnie oraz Uniwersytetem Medycznym w Grodnie. Rektor tego Uniwersytetu - prof. P.W. Garelik kilkakrotnie gościł w Białymstoku. Odbyło się kilka Sympozjów pod nazwą Polsko-Białoruskie Dni Chirurgiczne w Białymstoku i Grodnie.