• Ostatnia zmiana 05.10.2012 przez Medyk Białostocki

    Nowe okno na świat

    Ponad 20 mln zł z Programu Operacyjnego Rozwoju Polski Wschodniej przyznane zostały Uniwersytetowi Medycznemu w Białymstoku na budowę Laboratorium Bioinformatyki. Będzie to komputerowy mózg uczelni.

    W lipcu Uniwersytet Medyczny w Białymstoku otrzymał status Krajowego Naukowego Ośrodka Wiodącego. Przez kolejne pięć lat ma otrzymać nawet 50 mln zł na działalność Centrum Badań Innowacyjnych (CBI). Pieniądze te będą mogły być wykorzystane tylko na inwestowanie w ludzi (np. zatrudnianie ekspertów, tworzenie etatów naukowych, czy przyznawanie stypendiów). Nie można ich za to wydać na przykład na kupno sprzętu czy wybudowanie potrzebnej infrastruktury.

    Pieniądze z Programu Operacyjnego Rozwoju Polski Wschodniej przyznane zostały w najlepszym momencie. Spowodują, że Centrum Badań Innowacyjnych zyska główną siedzibę, do której będą przesyłane dane ze wszystkich jednostek działających w ramach CBI - czyli wydziału lekarskiego i farmaceutycznego UMB, Instytutu Medycyny Doświadczalnej i Klinicznej im. Mossakowskiego PAN, oraz Uniwersytetów w Belgii i Hiszpanii.

    - Do tego laboratorium będą spływały wszystkie dane pochodzące z wysokoprzepustowych (HTP) technik molekularnych w zakresie: metabolomiki, lipidomiki, proteomiki, transkryptomiki i genomiki. Tam będą one przetwarzane, porównywane z fenotypem, czyli przebiegiem choroby i leczenia - tłumaczy prof. Adam Krętowski, prorektor ds. nauki w UMB. - Będziemy potrzebowali komputerów o olbrzymiej mocy obliczeniowej i ogromnej pojemności, ale także osób wykształconych w tym kierunku, które potrafią analizować te dane.

    Prof. Krętowski przyznaje, że już teraz naukowcy z UMB każdego dnia generują gigantyczne ilości danych. Np. badanie genomu jednego pacjenta, wykonane przez urządzenie do sekwencjonowania genomowego, to zbiór ponad trzech milionów rekordów, co przekłada się na wygenerowanie w ciągu jednego dnia danych zajmujących ponad 20 GB pamięci.

     - Tygodniowo jesteśmy w stanie wygenerować dane, które zajmują terabajty pamięci - mówi prof. Krętowski. - Tak olbrzymia ilość informacji nie może być gromadzona na zwykłych komputerach osobistych. W przyszłości będą powstawać tzw. chmury (ang. clouds), czyli olbrzymie serwerownie, złożone z klastrów komputerów o olbrzymiej pamięci. Takie klastry mają w przyszłości powstać w Białostockim Parku Naukowo-Technologicznym i planujemy w ramach KNOW współpracować z BPN-T.

    Nowe centrum będzie też pełnić rolę ośrodka komunikacyjnego. Ma być wyposażone w nowoczesne łącza internetowe i satelitarne, tak by zapewnić stały dostęp do najważniejszych ośrodków badawczych na świecie i pracujących w nich ekspertów.

    - Czasami trudno światowej klasy profesorów, ekspertów ściągnąć do Białegostoku. Jak przyjeżdżają, to, co najwyżej na kilka dni. A tu chodzi o to, żeby tę współpracę podtrzymać, móc na bieżąco się kontaktować - zauważa prof. Krętowski.

    Prof. Krętowski liczy, że kiedy powstanie ośrodek i szybkie łącza, możliwa będzie praca na odległość. Białostoccy naukowcy będą mogli online kontaktować się z badaczami z innych ośrodków w kraju czy na świecie, wspólnie prowadzić badania i na bieżąco wymieniać się wynikami prac.

    - Nie mamy lotniska, dobrej drogi, więc jedynym oknem na świat jest internet i łącza satelitarne. Nauka nie polega na tym, że ktoś robi jakiś wycinek, a ktoś inny nic nie wie o tym. Chodzi o integrację danych - dodaje prorektor.

    Lokalizacja inwestycji

    Nowy obiekt powstanie na terenie między skrzyżowaniem ulic Skłodowskiej Curie i Waszyngtona w Białymstoku, za Collegium Pathologicum, w miejscu dawnego domu pogrzebowego. Ma mieć powierzchnię 1,1 tys. mkw i będzie składać się z dwóch części: Laboratorium Bioinformatyki oraz pomieszczenia pracy dla ekspertów. W ramach projektu wyremontowany zostanie też Zakład Toksykologii oraz Zakład Farmakognozji. Kupiony zostanie też nowoczesny sprzęt badawczy i informatyczny (planuje się wydać na niego ok. 8,5 mln zł). Władze uczelni spodziewają się, że dzięki nowej inwestycji prawie dwa razy zwiększy się liczba prowadzonych na UMB projektów badawczych, a także zwiększy się szansa na otrzymywanie większej ilości zleceń na nowe typy badań. Ważnym aspektem jest też fakt, że naukowcy i studenci zyskają możliwość pracy na najnowocześniejszym sprzęcie. W planach jest też uruchomienie nowej specjalności na studiach doktoranckich – bioinformatyki.

    Planowane badania

    Prace badawcze prowadzone w ramach Laboratorium Bioinformatyki będą obejmowały m.in:

    •analizę sekwencji DNA (składanie sekwencji, anotacja, wyszukiwanie sekwencji kodujących, regulatorowych oraz biomarkerów);

    •analizę sekwencji genomów, porównywanie genomów;

    •ustalanie ewolucyjnych relacji pomiędzy zbiorami sekwencji/organizmów (drzewa filogenetyczne);

    •analizowanie genotypów (w celu wyszukiwania genów odpowiedzialnych za choroby genetyczne);

    •analizę ekspresji genów (głównie analiza danych z mikromacierzy);

    •analiza danych z eksperymentów spektroskopii masowej;

    •projektowanie eksperymentów biologicznych, zbieranie, agregowanie i analizowanie danych pochodzących z tych badań oraz interpretowanie wyników i formułowanie wniosków;

    •w analizie danych wykorzystywane będą m.in. metody sztucznej inteligencji, analiza skupień oraz wizualizacja danych.

     

    Katarzyna Malinowska-Olczyk

    Wojciech Więcko

     

     

     

     

     

  • Baner miejsc na twoją reklamę.      Logotyp 60 lat UMB.      Logotyp Młody Medyk.